연말정산과 종합소득세 중복으로 냈을때 해결 방법

연말정산과 종합소득세 중복으로 납부한 경우

경정청구 제도를 활용해 보세요.

경정청구 제도란 과도하게 납부한 세액을 수정 요청하는 것을 뜻해요. 경정청구는 근로소득, 이자소득, 사업소득, 임대소득, 연금소득, 배당소득 등을 포함하는 종합소득세는 물론이고 양도소득세와 상속세, 증여세 등 납부하는 모든 종류의 세금에 대하여 청구할 수 있어요.

연말정산이나 종합소득세 신고, 부가가치세 신고 등을 중복으로 신청하여 불이익을 받았거나 신고 기한을 놓쳤을 경우, 그리고 기타 사유로 서류를 제출하지 못한 경우에도 경정청구 제도를 통해 환급받을 수 있어요. 특히 개인사업자의 경우 각종 공제와 감면 혜택을 놓치고 있는 경우가 많기 때문에 경정청구 제도를 적극 이용해 보는 것이 좋답니다.

경정청구는 일반적으로 법정신고기한이 지난 후 5년 이내 청구할 수 있어요. 다만 세무서의 결정·경정 등 특정 사유가 있는 경우에는 그 사실을 안 날부터 3개월 이내 별도로 청구할 수 있는 경우도 있어요. 2026년 기준으로는 일반적으로 2020년 귀속분부터 경정청구 가능 여부를 확인하게 돼요.

연말정산 vs 종합소득세 차이

연말정산과 종합소득세의 차이를 5가지 항목으로 살펴보도록 할게요.

1) 신고 대상의 차이

연말정산은 일반적인 근로소득이 있는 근로자가 대상이에요. 다만 일용근로소득은 지급 시 원천징수로 과세가 끝나므로 연말정산 대상이 아니에요. 반면 근로소득을 제외한 이자소득, 배당소득, 임대소득, 사업소득 등이 발생한 사람이라면 종합소득세의 신고 대상이 돼요.

2) 소득 종류의 차이

연말정산으로 신고할 수 있는 소득은 근로소득 단일 항목이며 종합소득세 신고로 신고할 수 있는 소득은 이자소득, 배당소득, 연금소득, 사업소득, 기타소득이에요. 프리랜서 등 3.3% 원천징수된 사업소득이 있다면 보통 다음 해 5월 종합소득세 신고 대상이 돼요.

3) 신고 방법의 차이

연말정산은 주로 근로자가 필요한 서류를 준비해 원천징수자인 회사에 정해진 기한 내에 연말정산 신고서와 함께 제출하는 방법으로 신고할 수 있어요. 반면 종합소득세는 신고 대상자가 직접 신고를 진행해야 하며 세무사를 통해 대행할 수 있어요. 개인이 직접 종합소득 신고를 할 경우에는 홈택스를 통해 자료를 조회하여 출력한 후 신고하면 된답니다.

4) 신고 기간의 차이

연말정산은 매년 1월 직전년도 근로소득에 대한 신고를 시작으로 2월까지 신고 기간을 가진 후 3월에 환급 및 추징 여부를 확인할 수 있어요. 종합소득세는 다음 해 5월 한 달 동안 신고를 한 후 6월 중 환급 및 추징 여부를 확인할 수 있어요. 2025년 귀속 종합소득세 확정신고·납부 기한은 2026년 6월 1일이에요. 퇴사나 이직 등으로 연말정산 기간을 놓친 근로소득자의 경우 종합소득세 신고 기간을 이용해 세금 정산을 할 수 있답니다. 성실신고 확인 대상 사업자의 경우 종합소득세 신고 기간이 6월까지 연장 운영되며, 거주자가 사망하였다면 상속개시 해당 월의 말일을 시작으로 6개월이 도래하는 기간까지 신고할 수 있어요.

5) 공제 종류의 차이

연말정산과 종합소득세의 신고 공제 항목은 거의 동일하고 결산하는 방식도 흡사하지만 몇 가지 항목은 꼼꼼하게 확인하고 구분해야 해요.

먼저 근로소득공제는 연말정산 대상인 근로소득자만 적용받을 수 있는 항목이며 종합소득 신고에서는 선택할 수 없어요. 신용카드 공제 항목의 경우 근로소득만 있는 직장인은 연말정산 신고 시 신용카드 사용 금액 소득공제로 구분 적용을 받지만, 종합소득 신고 대상인 경우에는 사업을 목적으로 지출한 것으로 분류해 필요경비로 공제를 받아요. 그렇기 때문에 사업소득자의 경우에는 신용카드 추가 공제를 받을 수 없답니다.

도서·신문·영화관람료·공연·박물관·미술관 등 문화체육 사용분은 30% 공제율이 적용돼요. 또한 2025년 7월 1일 이후 지출한 수영장·체력단련장 시설이용료도 공제대상에 포함돼요. 다만 이는 연간 근로소득액이 7,000만 원 이하인 근로자를 대상으로 하기 때문에 종합소득 신고 대상자인 경우에는 적용받을 수 없어요.

5월 종합소득세 신고 후 환급은 언제 받을까?

5월 연말정산 환급으로 표현하였지만 정식 명칭은 5월 종합소득세에 대한 환급이에요. 근로소득이 대상인 연말정산은 다음 해 1월 한 달 동안 신고한 후 3월 급여에 환급과 추징금이 반영되지만, 종합소득세의 경우 다음 해 5월 한 달 동안 신고한 후 6월 중 개인 명의의 계좌로 환급 및 추징되는 방식으로 운영되고 있어요. 그래서 통칭 5월 연말정산으로 칭하기도 한답니다.

그렇다면 종합소득세 신고 환급액은 언제 받을 수 있을까요? 통상적으로 5월 종합소득세 신고 기간은 5월 1일부터 5월 31일까지인데요. 신고 마지막 날인 31일을 기준으로 30일 이후에 환급금이 지급되는 것이 일반적이며, 보통 6월 말에서 7월 초 정도에는 환급받을 수 있답니다. 따라서 종합소득세 신고를 5월 1일에 완료하여도 한 달 이후인 6월 2일에 환급받는 것은 아니랍니다.

종합소득세 신고가 마무리되는 6월 1일 이후 관할 세무서는 약 한 달 정도 검토 기간을 가지며 환급 및 징세 대상자를 분류해요. 그리고 2~3일 정도의 환급 작업을 거친 후 지급이 최종적으로 마무리되기 때문에 한 달의 유예기간이 필요한 것이지요. 또한 관할 세무서 마다 환급 시기가 조금씩 다를 수 있는데요. 이는 지역별로 종합소득세 신고 건수의 차이에서 발생하는 업무처리 속도에 의해 발생하는 거예요. 기한 내 종합소득세 신고를 마치지 못한 경우에는 예상 시한인 6월 말에서 7월 초 보다 더 오랜 시간이 소요될 수 있기 때문에 환급을 조금 더 빨리 받기를 희망한다면 신고 기한 내 반드시 신고를 마치는 것이 좋아요.

연말정산 대상자를 제외하고 연 300만 원 이상의 소득이 발생하는 경우에는 종합소득세 신고를 반드시 해야 하는데요. 사업자와 프리랜서처럼 개인이 직접 챙겨야 하는 분들은 매년 5월 1일부터 5월 31일까지 진행하는 종합소득세 신고 기간을 지키지 못할 경우 가산세가 부과된다는 점을 반드시 기억해야 해요. 그리고 만약 근로소득만 있는 경우라 하더라도 이직 및 퇴직으로 전 직장에서 연말정산을 마무리하지 않았다면 종합소득세 신고 기간에 반드시 신고해야만 가산세를 피할 수 있다는 사실도 잊지 마세요.